Des analyses de qualité
AltraBio mobilise son expertise reconnue en bioinformatique, en biostatistique et en biologie pour proposer des services d’analyse et d’interprétaiont de différents types de données omiques (génomique, épigénomique, transcriptomique, protéomique, etc.).
Notre équipe collabore étroitement avec les clients/partenaires pour chaque projet afin d’atteindre à leurs objectifs.
Expertise en biostatistique et bio informatique
Avant de réaliser les analyses différentielles, nous mettons en oeuvre différentes méthodes pour évaluer la qualité des données et leur conformité avec le plan expérimental. Nous abordons spécifiquement les valeurs aberrantes et les effets non-liés au design afin de les corriger avec l’accord de notre client/partenaire. Ainsi, la pertinence de l’analyse effectuée est garantie.
Les plans expérimentaux peuvent comporter plusieurs facteurs tels que le donneur, le type cellulaire, le traitement, le temps, la dose, permettant une analyse sous différents angles. Pour répondre à la ou aux questions biologiques de l’étude, AltraBio détermine le modèle statistique le plus adapté (modèle appariés, correction des effets de lot, estimation des facteurs cachés, pondération des outliers, etc.).
AltraBio possède l’expertise pour intégrer différents types de données (multi-omiques, cytométrie, données médicales, etc.). Nous utilisons des techniques d’apprentissage automatique supervisé et non supervisé pour diverses applications, notamment l’identification de biomarqueurs, la classification et les modèles prédictifs pour le diagnostic ou la réponse au traitement. Ainsi, nos clients bénéficient de notre solide expertise dans l’utilisation d’algorithmiques d’apprentisage automatique de pointe pour extraire le maximum de valeur de leurs données.
Expertise en biologie
Les voies et processus biologiques associés aux molécules différentiellement exprimées sont identifiés grâce à la mise en oeuvre de différentes méthodes complémentaires d’enrichissement en catégories fonctionnelles. Ces résultats sont ensuite examinés pour évaluer leur pertinence dans le contexte biologique de l’étude.
Au delà de fournir des listes de molécules et de voies biologiques, le rôle d’AltraBio est également d’extraire du sens. A cette fin, la phase d’interprétation prend en compte la ou les questions biologiques à l’origine de l’étude et évalue les résultats en intégrant les connaissances biologiques disponibles dans la littérature scientifique et les bases de données. Notre objectif est de comprendre les mécanismes biologiques en jeu et de formuler de nouvelles hypothèses à valider. Des exemples de schémas synthétiques produits par AltraBio sont présentés dans les figures S8A et S9A de cet article.
Rendus
Tout le travail effectué est résumé dans un rapport complet transmis à notre client/partenaire et expliqué lors d’une visioconférence. Cet échange permet de présenter en détail les méthodes utilisées et les résultats obtenus, garantissant ainsi une compréhension claire des données par notre client/partenaire.
Les résultats de l’analyse statistique sont également disponibles dans l’interface web WikiBioPath, qui fournit à nos clients/partenaires un ensemble d’outils de visualisation et d’analyse leur permettant de poursuivre l’exploration de leurs données. Ils peuvent facilement visualiser leurs graphiques en volcan, générer de nouvelles cartes de chaleur, effectuer une analyse en composantes principales (ACP) et des analyses d’enrichissement sur des sélections de gènes.
Nos publications en analyses omiques
2017
Bauer, Yasmina; White, Eric S; de Bernard, Simon; Cornelisse, Peter; Leconte, Isabelle; Morganti, Adele; Roux, Sebastien; Nayler, Oliver
MMP-7 is a predictive biomarker of disease progression in patients with idiopathic pulmonary fibrosis Article de journal
Dans: ERJ Open Res, vol. 3, no. 1, 2017, ISSN: 2312-0541.
@article{pmid28435843,
title = {MMP-7 is a predictive biomarker of disease progression in patients with idiopathic pulmonary fibrosis},
author = {Yasmina Bauer and Eric S White and Simon de Bernard and Peter Cornelisse and Isabelle Leconte and Adele Morganti and Sebastien Roux and Oliver Nayler},
doi = {10.1183/23120541.00074-2016},
issn = {2312-0541},
year = {2017},
date = {2017-01-01},
urldate = {2017-01-01},
journal = {ERJ Open Res},
volume = {3},
number = {1},
abstract = {Idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) is a progressive interstitial lung disease with poor prognosis, which is characterised by destruction of normal lung architecture and excessive deposition of lung extracellular matrix. The heterogeneity of disease progression in patients with IPF poses significant obstacles to patient care and prevents efficient development of novel therapeutic interventions. Blood biomarkers, reflecting pathobiological processes in the lung, could provide objective evidence of the underlying disease. Longitudinally collected serum samples from the Bosentan Use in Interstitial Lung Disease (BUILD)-3 trial were used to measure four biomarkers (metalloproteinase-7 (MMP-7), Fas death receptor ligand, osteopontin and procollagen type I C-peptide), to assess their potential prognostic capabilities and to follow changes during disease progression in patients with IPF. In baseline BUILD-3 samples, only MMP-7 showed clearly elevated protein levels compared with samples from healthy controls, and further investigations demonstrated that MMP-7 levels also increased over time. Baseline levels of MMP-7 were able to predict patients who had higher risk of worsening and, notably, baseline levels of MMP-7 could predict changes in FVC as early as month 4. MMP-7 shows potential to be a reliable predictor of lung function decline and disease progression.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
2016
Blanc, Pascal; Moro-Sibilot, Ludovic; Barthly, Lucas; Jagot, Ferdinand; This, Sébastien; de Bernard, Simon; Buffat, Laurent; Dussurgey, Sébastien; Colisson, Renaud; Hobeika, Elias; Fest, Thierry; Taillardet, Morgan; Thaunat, Olivier; Sicard, Antoine; Mondière, Paul; Genestier, Laurent; Nutt, Stephen L; Defrance, Thierry
Mature IgM-expressing plasma cells sense antigen and develop competence for cytokine production upon antigenic challenge Article de journal
Dans: Nat Commun, vol. 7, p. 13600, 2016, ISSN: 2041-1723.
@article{pmid27924814,
title = {Mature IgM-expressing plasma cells sense antigen and develop competence for cytokine production upon antigenic challenge},
author = {Pascal Blanc and Ludovic Moro-Sibilot and Lucas Barthly and Ferdinand Jagot and Sébastien This and Simon de Bernard and Laurent Buffat and Sébastien Dussurgey and Renaud Colisson and Elias Hobeika and Thierry Fest and Morgan Taillardet and Olivier Thaunat and Antoine Sicard and Paul Mondière and Laurent Genestier and Stephen L Nutt and Thierry Defrance},
doi = {10.1038/ncomms13600},
issn = {2041-1723},
year = {2016},
date = {2016-12-01},
urldate = {2016-12-01},
journal = {Nat Commun},
volume = {7},
pages = {13600},
abstract = {Dogma holds that plasma cells, as opposed to B cells, cannot bind antigen because they have switched from expression of membrane-bound immunoglobulins (Ig) that constitute the B-cell receptor (BCR) to production of the secreted form of immunoglobulins. Here we compare the phenotypical and functional attributes of plasma cells generated by the T-cell-dependent and T-cell-independent forms of the hapten NP. We show that the nature of the secreted Ig isotype, rather than the chemical structure of the immunizing antigen, defines two functionally distinct populations of plasma cells. Fully mature IgM-expressing plasma cells resident in the bone marrow retain expression of a functional BCR, whereas their IgG counterparts do not. Antigen boost modifies the gene expression profile of IgM plasma cells and initiates a cytokine production program, characterized by upregulation of CCL5 and IL-10. Our results demonstrate that IgM-expressing plasma cells can sense antigen and acquire competence for cytokine production upon antigenic challenge.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
2015
van Helden, Mary J; Goossens, Steven; Daussy, Cécile; Mathieu, Anne-Laure; Faure, Fabrice; Marçais, Antoine; Vandamme, Niels; Farla, Natalie; Mayol, Katia; Viel, Sébastien; Degouve, Sophie; Debien, Emilie; Seuntjens, Eve; Conidi, Andrea; Chaix, Julie; Mangeot, Philippe; de Bernard, Simon; Buffat, Laurent; Haigh, Jody J; Huylebroeck, Danny; Lambrecht, Bart N; Berx, Geert; Walzer, Thierry
Terminal NK cell maturation is controlled by concerted actions of T-bet and Zeb2 and is essential for melanoma rejection Article de journal
Dans: J Exp Med, vol. 212, no. 12, p. 2015–2025, 2015, ISSN: 1540-9538.
@article{pmid26503444,
title = {Terminal NK cell maturation is controlled by concerted actions of T-bet and Zeb2 and is essential for melanoma rejection},
author = {Mary J van Helden and Steven Goossens and Cécile Daussy and Anne-Laure Mathieu and Fabrice Faure and Antoine Marçais and Niels Vandamme and Natalie Farla and Katia Mayol and Sébastien Viel and Sophie Degouve and Emilie Debien and Eve Seuntjens and Andrea Conidi and Julie Chaix and Philippe Mangeot and Simon de Bernard and Laurent Buffat and Jody J Haigh and Danny Huylebroeck and Bart N Lambrecht and Geert Berx and Thierry Walzer},
doi = {10.1084/jem.20150809},
issn = {1540-9538},
year = {2015},
date = {2015-11-01},
urldate = {2015-11-01},
journal = {J Exp Med},
volume = {212},
number = {12},
pages = {2015--2025},
abstract = {Natural killer (NK) cell maturation is a tightly controlled process that endows NK cells with functional competence and the capacity to recognize target cells. Here, we found that the transcription factor (TF) Zeb2 was the most highly induced TF during NK cell maturation. Zeb2 is known to control epithelial to mesenchymal transition, but its role in immune cells is mostly undefined. Targeted deletion of Zeb2 resulted in impaired NK cell maturation, survival, and exit from the bone marrow. NK cell function was preserved, but mice lacking Zeb2 in NK cells were more susceptible to B16 melanoma lung metastases. Reciprocally, ectopic expression of Zeb2 resulted in a higher frequency of mature NK cells in all organs. Moreover, the immature phenotype of Zeb2(-/-) NK cells closely resembled that of Tbx21(-/-) NK cells. This was caused by both a dependence of Zeb2 expression on T-bet and a probable cooperation of these factors in gene regulation. Transgenic expression of Zeb2 in Tbx21(-/-) NK cells partially restored a normal maturation, establishing that timely induction of Zeb2 by T-bet is an essential event during NK cell differentiation. Finally, this novel transcriptional cascade could also operate in human as T-bet and Zeb2 are similarly regulated in mouse and human NK cells.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}