Des analyses de qualité

AltraBio met en oeuvre son expertise reconnue en bioinformatique et biostatistique pour l’analyse et la valorisation de tout type de données OMIQUES (génomique, transcriptomique, protéomique, épigénomique…).

Pour chaque projet, l’équipe d’AltraBio est en interaction avec ses clients/partenaires pour s’adapter à leurs attentes.

Expertise en biostatistique et bio informatique

Avant de réaliser toute analyse statististique, plusieurs méthodes sont mises en oeuvre, pour contrôler la qualité des données, leur concordance avec le plan expérimental, et détecter d’éventuelles anomalies pour tenter de les corriger en interactivité avec le client. AltraBio garantit ainsi la pertinence et la qualité des analyses réalisées.

Les plans expérimentaux comportent, dans certains cas, de multiples facteurs (donneur, type cellulaire, type de traitement, temps, dose…) et peuvent être analysés sous de multiples angles. Pour répondre aux questions biologiques de l’étude, AltraBio définit les modèles d’analyse statistique les mieux adaptés (modèle appariés, corrections effets batch, estimation d’effet caché, pondération des outliers…).

AltraBio possède le savoir faire pour intégrer différents types de données (multi-omics, cytometry, données médicales…) ainsi que des données issues de différentes études. L’apprentissage automatique (supervisé et non supervisé) peut ensuite être mis en oeuvre pour diverses applications : identification de biomarqueurs, classification, modèles prédictifs de diagnostic, de pronostic, ou de réponse à un traitement. Nos clients bénéficient ainsi de toute notre expertise dans l’utilisation des nouvelles techniques algorithmiques du Machine Learning pour extraire le maximum d’informations de leurs données.

Expertise en biologie

Les voies et processus biologiques associés aux molécules différentiellement exprimées sont identifiés grâce à la mise en oeuvre de plusieurs algorithmes complémentaires d’analyse d’enrichissement en catégories fonctionnelles issues de différentes bases de connaissances biologiques.

Au delà de la génération de listes de molécules et catégories fonctionnelles, le rôle d’AltraBio est aussi d’en extraire le sens. C’est pourquoi la phase d’interprétation prend en compte la/les questions biologiques à l’origine de l’étude, évalue l’ensemble des résultats en y intégrant la connaissance biologique disponible dans la littérature scientifique et les bases de données publiques.  L’objectif est de comprendre les mécanismes biologiques mis en jeu et de formuler de nouvelles hypothèses à valider (exemples de schémas synthétiques délivrés par AltraBio, figures S8A et S9A de cet article).

Rendus

L’ensemble du travail réalisé est synthétisé dans un rapport complet remis et commenté à nos clients/partenaires sous forme d’une présentation orale. Cet échange permet d’expliquer les approches méthodologiques choisies et leurs résultats et de s’assurer que nos clients/partenaires ont la meilleure compréhension de leur données.

Les résultats de l’étude statistique sont également accessibles par l’interface web WikiBioPath qui met à disposition de nos partenaires/clients un ensemble d’outils de visualisation et d’analyses pour leur permettre de continuer à explorer leurs données. Ils peuvent ainsi facilement générer de nouveaux volcano plots, heat maps, ACP et analyses d’enrichissement sur des ensembles de gènes définis par des critères d’intérêt.

Nos publications en analyses omiques

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2023

Roux, Natacha; Miura, Saori; Dussenne, Mélanie; Tara, Yuki; Lee, Shu-Hua; de Bernard, Simon; Reynaud, Mathieu; Salis, Pauline; Barua, Agneesh; Boulahtouf, Abdelhay; Balaguer, Patrick; Gauthier, Karine; Lecchini, David; Gibert, Yann; Besseau, Laurence; Laudet, Vincent

The multi-level regulation of clownfish metamorphosis by thyroid hormones Article de journal

Dans: Cell Rep, vol. 42, no. 7, p. 112661, 2023, ISSN: 2211-1247.

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Sanlaville, Amélien; Voissière, Aurélien; Poujol, Dominique; Hubert, Margaux; André, Suzanne; Perret, Clémence; Foy, Jean-Philippe; Goutagny, Nadège; Malfroy, Marine; Durand, Isabelle; Châlons-Cottavoz, Marie; Valladeau-Guilemond, Jenny; Saintigny, Pierre; Puisieux, Alain; Caux, Christophe; Michallet, Marie-Cécile; Puisieux, Isabelle; Bendriss-Vermare, Nathalie

CD4 T cells and neutrophils contribute to epithelial-mesenchymal transition in breast cancer Article de journal

Dans: bioRxiv, 2023.

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Meier, Johannes P; Möbus, Selina; Heigl, Florian; Asbach-Nitzsche, Alexandra; Niller, Hans Helmut; Plentz, Annelie; Avsar, Korkut; Heiß-Neumann, Marion; Schaaf, Bernhard; Cassens, Uwe; Seese, Bernd; Teschner, Daniel; Handzhiev, Sabin; Graf, Uwe; Lübbert, Christoph; Steinmaurer, Monika; Kontogianni, Konstantina; Berg, Christoph; Maieron, Andreas; Blaas, Stefan H; Wagner, Ralf; Deml, Ludwig; Barabas, Sascha

Performance of T-Track TB, a Novel Dual Marker RT-qPCR-Based Whole-Blood Test for Improved Detection of Active Tuberculosis Article de journal

Dans: Diagnostics (Basel), vol. 13, no. 4, 2023, ISSN: 2075-4418.

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