Des méthodes propriétaires et des résultats fiables

L’offre d’AltraBio couvre l’ensemble du flux d’analyse de données de cytométrie en flux, spectrale et de masse, allant du gating automatique à l’identification de biomarqueurs, en passant par le contrôle qualité des données et les analyses de différentiel d’abondance.

Vous souhaitez appliquer votre stratégie de gating sur un grand nombre de fichiers

  • 1 à 4 semaines pour générer un automate de gating dédié
  • traitement rapide (5-10 min/fichier), 24/7
  • Utilisez votre expertise dans le développement de nouvelles stratégies et/ou dans l’interprétation biologique de vos résultats plutôt que dans l’étape de gating
  • Nos automates réalisent leurs gating en considérant tous les marqueurs de l’étude. Cela permet d’avoir une meilleure vue sur les populations de cellules que celle qu’on peut avoir en n’utilisant que des biplots.
  • Une fois ses performances validées, votre automate de gating sera figé avant d’être utilisé sur tous vos fichiers. Des mises à jour sont toujours possibles mais conduiront à un nouvel automate avec un nouveau numéro de série.
  • Grâce à l’automatisation, l’utilisation de la cytométrie dans vos études cliniques, dans lesquelles vous envisagez un grand nombre de fichiers, ne sera plus un problème.

Vous voulez identifier des populations cellulaires marqueurs pour diagnostiquer une maladie ou prédire la réponse à un traitement

Nos solutions validées ont identifié les populations cellulaires pertinentes pour réaliser:

  • l’évaluation de la maladie résiduelle mesurable (MRD) dans différents cancers du sang.
  • la prediction des patients répondeurs au médicament anti-cancer anti-CTL4 .
  • le diagnostic d’une maladie autoimmune.

Notre méthode est capable d’identifier des sous-ensembles de cellules discriminantes à différentes granularités le long d’un axe de différenciation cellulaire, ce qui donne des sous-ensembles de cellules imbriquées : par exemple dans la population de cellules T, les sous-ensembles pertinents peuvent aller du sous-ensemble plus large de cellules CD8 mémoire au plus spécifique. sous-ensemble intégré de la mémoire effectrice CD8.

  • Notre approche est moins sensible aux effets de lot.
  • Notre méthode peut utiliser des informations supplémentaires telles que les résultats des patients (par exemple, le statut des patients) pour guider intelligemment l’identification des clusters afin d’augmenter encore la pertinence des populations identifiées et d’éviter les faux artefacts.

Vous voulez explorer vos données de cytométrie

  • Gating par réduction de dimension : Analyse en composante principale, Minimum Spanning Tree layouts (e.g. SPADE), Multi Dimensional Scaling, t-stochastic neighbor embeddings (e.g. ViSNE), UMAP, etc.
  • Clustering: approches basées sur la topologie/le graphe (e.g. SamSPECTRAL), approches basées sur la densité (e.g. Flock), approches basées sur le modèle (e.g. immunoClust, FLAME, FlowClust, flowMerge), approches hybrides (e.g. FlowSOM, Phenograph, FlowPeaks, FlowMeans, etc.), approches d’ensemble, etc.
  • Modélisation statistique
  • Modèles linéaires généralisés, modèles mixtes (etc) pour (1) l’analyse différentielle d’abondance de populations cellulaires ou (2) l’analyse différentielle de marqueurs d’expression stratifiés par populations cellulaires.
  • Machine learning
  • Apprentissage supervisé (e.g., Forêt aléatoire, Boosting, SVM, (sparse) PLS), identification de correlation , etc.
  • Algorithmes dédiés à des tâches spécifiques
  • CITRUS, RchyOptimyx, etc.

Témoignages

« Ils sont très efficaces et agiles, vous n’interagirez pas avec beaucoup de monde donc ils réagissent rapidement et fournissent un service de haute qualité »

“Ils font ce petit contrôle qualité supplémentaire sur leur main, ils vérifient également les transferts, ils mettent cet effort supplémentaire pour s’assurer que ce que nous faisons est exact”

« Le travail que nous faisons jusqu’ici avec AltraBio, c’est du partenariat. … il y avait des échéanciers à respecter et ils sont intervenus et ont dit OK, nous le ferons dans quelques jours, pas dans une semaine, pas dans un mois… quand vous avez cette relation, quand vous comprenez le valeur et vous comprenez les délais du client, cela ressemblait vraiment à un partenariat”

Nos publications en cytometrie

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2021

Soret, Perrine; Dantec, Christelle Le; Desvaux, Emiko; Foulquier, Nathan; Chassagnol, Bastien; Hubert, Sandra; Jamin, Christophe; Barturen, Guillermo; Desachy, Guillaume; Devauchelle-Pensec, Valérie; Boudjeniba, Cheïma; Cornec, Divi; Saraux, Alain; Jousse-Joulin, Sandrine; Barbarroja, Nuria; Rodríguez-Pintó, Ignasi; Langhe, Ellen De; Beretta, Lorenzo; Chizzolini, Carlo; Kovács, László; Witte, Torsten; Bettacchioli, Eléonore; Buttgereit, Anne; Makowska, Zuzanna; Lesche, Ralf; Borghi, Maria Orietta; Martin, Javier; Courtade-Gaiani, Sophie; Xuereb, Laura; Guedj, Mickaël; Moingeon, Philippe; Alarcón-Riquelme, Marta E; Laigle, Laurence; Pers, Jacques-Olivier

A new molecular classification to drive precision treatment strategies in primary Sjögren's syndrome Article de journal

Dans: Nat Commun, vol. 12, no. 1, p. 3523, 2021, ISSN: 2041-1723.

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Bossini-Castillo, Lara; Villanueva-Martin, Gonzalo; Kerick, Martin; Acosta-Herrera, Marialbert; López-Isac, Elena; Simeón, Carmen P; Ortego-Centeno, Norberto; Assassi, Shervin; Hunzelmann, Nicolas; Gabrielli, Armando; de Vries-Bouwstra, J K; Allanore, Yannick; Fonseca, Carmen; Denton, Christopher P; Radstake, Timothy Rdj; Alarcón-Riquelme, Marta Eugenia; Beretta, Lorenzo; Mayes, Maureen D; Martin, Javier

Genomic Risk Score impact on susceptibility to systemic sclerosis Article de journal

Dans: Ann Rheum Dis, vol. 80, no. 1, p. 118–127, 2021, ISSN: 1468-2060.

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2020

Beretta, Lorenzo; Barturen, Guillermo; Vigone, Barbara; Bellocchi, Chiara; Hunzelmann, Nicolas; Langhe, Ellen De; Cervera, Ricard; Gerosa, Maria; Kovács, László; Castro, Rafaela Ortega; Almeida, Isabel; Cornec, Divi; Chizzolini, Carlo; Pers, Jacques-Olivier; Makowska, Zuzanna; Lesche, Ralf; Kerick, Martin; Alarcón-Riquelme, Marta Eugenia; Martin, Javier

Genome-wide whole blood transcriptome profiling in a large European cohort of systemic sclerosis patients Article de journal

Dans: Ann Rheum Dis, vol. 79, no. 9, p. 1218–1226, 2020, ISSN: 1468-2060.

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