Des analyses de qualité
AltraBio mobilise son expertise reconnue en bioinformatique, en biostatistique et en biologie pour proposer des services d’analyse et d’interprétaiont de différents types de données omiques (génomique, épigénomique, transcriptomique, protéomique, etc.).
Notre équipe collabore étroitement avec les clients/partenaires pour chaque projet afin d’atteindre à leurs objectifs.
Expertise en biostatistique et bio informatique
Avant de réaliser les analyses différentielles, nous mettons en oeuvre différentes méthodes pour évaluer la qualité des données et leur conformité avec le plan expérimental. Nous abordons spécifiquement les valeurs aberrantes et les effets non-liés au design afin de les corriger avec l’accord de notre client/partenaire. Ainsi, la pertinence de l’analyse effectuée est garantie.
Les plans expérimentaux peuvent comporter plusieurs facteurs tels que le donneur, le type cellulaire, le traitement, le temps, la dose, permettant une analyse sous différents angles. Pour répondre à la ou aux questions biologiques de l’étude, AltraBio détermine le modèle statistique le plus adapté (modèle appariés, correction des effets de lot, estimation des facteurs cachés, pondération des outliers, etc.).
AltraBio possède l’expertise pour intégrer différents types de données (multi-omiques, cytométrie, données médicales, etc.). Nous utilisons des techniques d’apprentissage automatique supervisé et non supervisé pour diverses applications, notamment l’identification de biomarqueurs, la classification et les modèles prédictifs pour le diagnostic ou la réponse au traitement. Ainsi, nos clients bénéficient de notre solide expertise dans l’utilisation d’algorithmiques d’apprentisage automatique de pointe pour extraire le maximum de valeur de leurs données.
Expertise en biologie
Les voies et processus biologiques associés aux molécules différentiellement exprimées sont identifiés grâce à la mise en oeuvre de différentes méthodes complémentaires d’enrichissement en catégories fonctionnelles. Ces résultats sont ensuite examinés pour évaluer leur pertinence dans le contexte biologique de l’étude.
Au delà de fournir des listes de molécules et de voies biologiques, le rôle d’AltraBio est également d’extraire du sens. A cette fin, la phase d’interprétation prend en compte la ou les questions biologiques à l’origine de l’étude et évalue les résultats en intégrant les connaissances biologiques disponibles dans la littérature scientifique et les bases de données. Notre objectif est de comprendre les mécanismes biologiques en jeu et de formuler de nouvelles hypothèses à valider. Des exemples de schémas synthétiques produits par AltraBio sont présentés dans les figures S8A et S9A de cet article.
Rendus
Tout le travail effectué est résumé dans un rapport complet transmis à notre client/partenaire et expliqué lors d’une visioconférence. Cet échange permet de présenter en détail les méthodes utilisées et les résultats obtenus, garantissant ainsi une compréhension claire des données par notre client/partenaire.
Les résultats de l’analyse statistique sont également disponibles dans l’interface web WikiBioPath, qui fournit à nos clients/partenaires un ensemble d’outils de visualisation et d’analyse leur permettant de poursuivre l’exploration de leurs données. Ils peuvent facilement visualiser leurs graphiques en volcan, générer de nouvelles cartes de chaleur, effectuer une analyse en composantes principales (ACP) et des analyses d’enrichissement sur des sélections de gènes.
Nos publications en analyses omiques
2022
Roux, Natacha; Miura, Saori; Dussene, Mélanie; Tara, Yuki; Lee, Fiona; Bernard, Simon; Reynaud, Mathieu; Salis, Pauline; Barua, Agneesh; Boulahtouf, Abdelhay; Balaguer, Patrick; Gauthier, Karine; Lecchini, David; Gibert, Yann; Besseau, Laurence; Laudet, Vincent
The multi-level regulation of clownfish metamorphosis by thyroid hormones Article de journal
Dans: bioRxiv, 2022.
@article{Roux2022.03.04.482938,
title = {The multi-level regulation of clownfish metamorphosis by thyroid hormones},
author = {Natacha Roux and Saori Miura and Mélanie Dussene and Yuki Tara and Fiona Lee and Simon Bernard and Mathieu Reynaud and Pauline Salis and Agneesh Barua and Abdelhay Boulahtouf and Patrick Balaguer and Karine Gauthier and David Lecchini and Yann Gibert and Laurence Besseau and Vincent Laudet},
url = {https://www.biorxiv.org/content/early/2022/03/04/2022.03.04.482938},
doi = {10.1101/2022.03.04.482938},
year = {2022},
date = {2022-03-04},
urldate = {2022-01-01},
journal = {bioRxiv},
publisher = {Cold Spring Harbor Laboratory},
abstract = {Most marine organisms have a biphasic life cycle during which a pelagic larva is transformed into a radically different juvenile. In vertebrates the role of thyroid hormones (TH) in triggering this transition is well known, but how the morphological and physiological changes are integrated in a coherent way with the ecological transition remains poorly explored. To gain insight into this question, we performed an integrative analysis of metamorphosis of a marine teleost, the clownfish Amphiprion ocellaris. We reveal how TH coordinate a change in color vision as well as a major metabolic shift in energy production, hence highlighting its central integrative role in regulating this transformation. By manipulating the activity of LXR, a major regulator of metabolism, we also reveal a tight link between metabolic changes and metamorphosis progression. Strikingly, we observed that these regulations are at play in the wild revealing how hormones coordinate energy needs with available resources during life cycle.Competing Interest StatementThe authors have declared no competing interest.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
Clément, Flora; Nougarède, Adrien; Combe, Stéphanie; Kermarrec, Frédérique; Dey, Arindam K; Obeid, Patricia; Millet, Arnaud; Navarro, Fabrice P; Marche, Patrice N; Sulpice, Eric; Gidrol, Xavier
Therapeutic siRNAs Targeting the JAK/STAT Signalling Pathway in Inflammatory Bowel Diseases Article de journal
Dans: J Crohns Colitis, vol. 16, no. 2, p. 286–300, 2022, ISSN: 1876-4479.
@article{pmid34286840,
title = {Therapeutic siRNAs Targeting the JAK/STAT Signalling Pathway in Inflammatory Bowel Diseases},
author = {Flora Clément and Adrien Nougarède and Stéphanie Combe and Frédérique Kermarrec and Arindam K Dey and Patricia Obeid and Arnaud Millet and Fabrice P Navarro and Patrice N Marche and Eric Sulpice and Xavier Gidrol},
doi = {10.1093/ecco-jcc/jjab129},
issn = {1876-4479},
year = {2022},
date = {2022-02-01},
urldate = {2022-02-01},
journal = {J Crohns Colitis},
volume = {16},
number = {2},
pages = {286--300},
abstract = {BACKGROUND AND AIMS: Inflammatory bowel diseases are highly debilitating conditions that require constant monitoring and life-long medication. Current treatments are focused on systemic administration of immunomodulatory drugs, but they have a broad range of undesirable side-effects. RNA interference is a highly specific endogenous mechanism that regulates the expression of the gene at the transcript level, which can be repurposed using exogenous short interfering RNA [siRNA] to repress expression of the target gene. While siRNA therapeutics can offer an alternative to existing therapies, with a high specificity critical for chronically administrated drugs, evidence of their potency compared to chemical kinase inhibitors used in clinics is still lacking in alleviating an adverse inflammatory response.
METHODS: We provide a framework to select highly specific siRNA, with a focus on two kinases strongly involved in pro-inflammatory diseases, namely JAK1 and JAK3. Using western-blot, real-time quantitative PCR and large-scale analysis, we assessed the specificity profile of these siRNA drugs and compared their efficacy to the most recent and promising kinase inhibitors for Janus kinases [Jakinibs], tofacitinib and filgotinib.
RESULTS: siRNA drugs can reach higher efficiency and selectivity at lower doses [5 pM vs 1 µM] than Jakinibs. Moreover, JAK silencing lasted up to 11 days, even with 6 h pulse transfection.
CONCLUSIONS: The siRNA-based drugs developed hold the potential to develop more potent therapeutics for chronic inflammatory diseases.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
METHODS: We provide a framework to select highly specific siRNA, with a focus on two kinases strongly involved in pro-inflammatory diseases, namely JAK1 and JAK3. Using western-blot, real-time quantitative PCR and large-scale analysis, we assessed the specificity profile of these siRNA drugs and compared their efficacy to the most recent and promising kinase inhibitors for Janus kinases [Jakinibs], tofacitinib and filgotinib.
RESULTS: siRNA drugs can reach higher efficiency and selectivity at lower doses [5 pM vs 1 µM] than Jakinibs. Moreover, JAK silencing lasted up to 11 days, even with 6 h pulse transfection.
CONCLUSIONS: The siRNA-based drugs developed hold the potential to develop more potent therapeutics for chronic inflammatory diseases.
Bonduelle, Olivia; Chaudesaigues, Chloé; Tolazzi, Monica; Suleiman, Ehsan; de Bernard, Simon; Alves, Karine; Nourikyan, Julien; Bohec, Mylene; Baudrin, Laura G; Katinger, Dietmar; Debré, Patrice; Scarlatti, Gabriella; Vieillard, Vincent; Combadière, Behazine
Dichotomy in Neutralizing Antibody Induction to Peptide-Conjugated Vaccine in Squalene Emulsion Contrast With Aluminum Hydroxide Formulation Article de journal
Dans: Front Immunol, vol. 13, p. 848571, 2022, ISSN: 1664-3224.
@article{pmid35464449b,
title = {Dichotomy in Neutralizing Antibody Induction to Peptide-Conjugated Vaccine in Squalene Emulsion Contrast With Aluminum Hydroxide Formulation},
author = {Olivia Bonduelle and Chloé Chaudesaigues and Monica Tolazzi and Ehsan Suleiman and Simon de Bernard and Karine Alves and Julien Nourikyan and Mylene Bohec and Laura G Baudrin and Dietmar Katinger and Patrice Debré and Gabriella Scarlatti and Vincent Vieillard and Behazine Combadière},
doi = {10.3389/fimmu.2022.848571},
issn = {1664-3224},
year = {2022},
date = {2022-01-01},
urldate = {2022-01-01},
journal = {Front Immunol},
volume = {13},
pages = {848571},
abstract = {W614A-3S peptide is a modified 3S motif of the HIV-gp41 (mutation W614A). We previously detected the presence of natural neutralizing antibodies directed against W614A-3S peptide (NAbs) in long-term non-progressor HIV patients. Here, we compared the efficacy of W614A-3S peptide formulated in either squalene emulsion (SQE) or in aluminum hydroxide (Alum) in inducing broadly-NAbs (bNAbs). Rabbit and mouse models were used to screen the induction of bNAbs following 4 immunizations. SQE was more efficient than Alum formulation in inducing W614A-3S-specific bNAbs with up to 67%-93% of HIV strains neutralized. We then analyzed the quality of peptide-specific murine B cells by single-cell gene expression by quantitative reverse transcription-PCR and single-cell V(D)J sequencing. We found more frequent germinal center B cells in SQE than in Alum, albeit with a different gene expression profile. The V(D)J sequencing of W614A-3S-specific BCR showed significant differences in BCR sequences and validates the dichotomy between adjuvant formulations. All sixteen BCR sequences which were cloned were specific of peptide. Adjuvant formulations of W614A-3S-peptide-conjugated immunogen impact the quantity and quality of B cell immune responses at both the gene expression level and BCR sequence.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}