Analyses de Haute Qualité et Approche Collaborative
AltraBio utilise son expertise reconnue en bioinformatique, biostatistique et biologie pour offrir des services d’analyse et d’interprétation de divers types de données omiques (génomique, épigénomique, transcriptomique, protéomique, etc.).
Notre équipe collabore étroitement avec les clients et partenaires pour chaque projet afin de garantir que leurs objectifs sont atteints. Cette approche collaborative assure que nos analyses sont alignées avec vos objectifs de recherche.
Expertise en Biostatistique et Bioinformatique
Avant de réaliser des analyses différentielles, nous mettons en œuvre diverses méthodes pour évaluer la qualité des données et leur cohérence avec la conception expérimentale. Nous traitons les valeurs aberrantes et les effets non liés à la conception, garantissant ainsi la pertinence de l’analyse.
Les conceptions expérimentales impliquent souvent plusieurs facteurs tels que le donneur, le type cellulaire, le traitement, la dose et les points temporels. Pour répondre aux questions biologiques de l’étude, AltraBio identifie le modèle statistique le plus approprié, en tenant compte des conceptions appariées, des corrections d’effets de lot, de l’estimation de facteurs cachés et de la pondération des valeurs aberrantes.
AltraBio excelle dans l’intégration de divers types de données (multi-omiques, cytométrie, données médicales, etc.). Nous utilisons des techniques d’apprentissage automatique supervisé et non supervisé pour des applications telles que l’identification de biomarqueurs, la classification et les modèles prédictifs pour le diagnostic ou la réponse au traitement. Nos clients bénéficient de notre maîtrise des algorithmes d’apprentissage automatique de pointe.
Expertise en Biologie
Nous identifions les processus biologiques et les voies par le biais de méthodes complémentaires d’enrichissement de catégories fonctionnelles. Ces résultats automatisés sont ensuite examinés pour évaluer leur pertinence dans le contexte biologique de l’étude.
Au-delà de la fourniture de listes de molécules et de voies biologiques, AltraBio extrait des informations significatives. Lors de la phase d’interprétation, nous considérons les questions biologiques initiales et évaluons les résultats en intégrant les connaissances biologiques disponibles dans la littérature scientifique et les bases de données. Notre objectif est de comprendre les mécanismes biologiques en jeu et de formuler de nouvelles hypothèses à valider.
Rapports
Tout le travail réalisé est résumé dans un rapport complet, fourni à nos clients et expliqué lors d’une visioconférence. Cet échange permet de clarifier les approches méthodologiques choisies et leurs résultats, assurant une compréhension optimale des données.
Les résultats des analyses statistiques sont également accessibles via l’interface web WikiBioPath. Cette plateforme offre à nos clients un ensemble d’outils de visualisation et d’analyse pour continuer à explorer leurs données. Ils peuvent facilement visualiser des volcano plots, générer de nouvelles heat maps, effectuer des PCA et réaliser des analyses d’enrichissement sur des sélections de gènes.
Nos Publications
2012
Idbaih, Ahmed; Ducray, François; Dehais, Caroline; Courdy, Célia; Carpentier, Catherine; de Bernard, Simon; Uro-Coste, Emmanuelle; Mokhtari, Karima; Jouvet, Anne; Honnorat, Jérôme; Chinot, Olivier; Ramirez, Carole; Beauchesne, Patrick; Benouaich-Amiel, Alexandra; Godard, Joël; Eimer, Sandrine; Parker, Fabrice; Lechapt-Zalcman, Emmanuelle; Colin, Philippe; Loussouarn, Delphine; Faillot, Thierry; Dam-Hieu, Phong; Elouadhani-Hamdi, Selma; Bauchet, Luc; Langlois, Olivier; Guerinel, Caroline Le; Fontaine, Denys; Vauleon, Elodie; Menei, Philippe; Fotso, Marie Janette Motsuo; Desenclos, Christine; Verrelle, Pierre; Ghiringhelli, François; Noel, Georges; Labrousse, François; Carpentier, Antoine; Dhermain, Frédéric; Delattre, Jean-Yves; Figarella-Branger, Dominique
SNP array analysis reveals novel genomic abnormalities including copy neutral loss of heterozygosity in anaplastic oligodendrogliomas Article de journal
Dans: PLoS One, vol. 7, no. 10, p. e45950, 2012, ISSN: 1932-6203.
@article{pmid23071531,
title = {SNP array analysis reveals novel genomic abnormalities including copy neutral loss of heterozygosity in anaplastic oligodendrogliomas},
author = {Ahmed Idbaih and François Ducray and Caroline Dehais and Célia Courdy and Catherine Carpentier and Simon de Bernard and Emmanuelle Uro-Coste and Karima Mokhtari and Anne Jouvet and Jérôme Honnorat and Olivier Chinot and Carole Ramirez and Patrick Beauchesne and Alexandra Benouaich-Amiel and Joël Godard and Sandrine Eimer and Fabrice Parker and Emmanuelle Lechapt-Zalcman and Philippe Colin and Delphine Loussouarn and Thierry Faillot and Phong Dam-Hieu and Selma Elouadhani-Hamdi and Luc Bauchet and Olivier Langlois and Caroline Le Guerinel and Denys Fontaine and Elodie Vauleon and Philippe Menei and Marie Janette Motsuo Fotso and Christine Desenclos and Pierre Verrelle and François Ghiringhelli and Georges Noel and François Labrousse and Antoine Carpentier and Frédéric Dhermain and Jean-Yves Delattre and Dominique Figarella-Branger},
doi = {10.1371/journal.pone.0045950},
issn = {1932-6203},
year = {2012},
date = {2012-01-01},
urldate = {2012-01-01},
journal = {PLoS One},
volume = {7},
number = {10},
pages = {e45950},
abstract = {Anaplastic oligodendrogliomas (AOD) are rare glial tumors in adults with relative homogeneous clinical, radiological and histological features at the time of diagnosis but dramatically various clinical courses. Studies have identified several molecular abnormalities with clinical or biological relevance to AOD (e.g. t(1;19)(q10;p10), IDH1, IDH2, CIC and FUBP1 mutations).To better characterize the clinical and biological behavior of this tumor type, the creation of a national multicentric network, named "Prise en charge des OLigodendrogliomes Anaplasiques (POLA)," has been supported by the Institut National du Cancer (InCA). Newly diagnosed and centrally validated AOD patients and their related biological material (tumor and blood samples) were prospectively included in the POLA clinical database and tissue bank, respectively.At the molecular level, we have conducted a high-resolution single nucleotide polymorphism array analysis, which included 83 patients. Despite a careful central pathological review, AOD have been found to exhibit heterogeneous genomic features. A total of 82% of the tumors exhibited a 1p/19q-co-deletion, while 18% harbor a distinct chromosome pattern. Novel focal abnormalities, including homozygously deleted, amplified and disrupted regions, have been identified. Recurring copy neutral losses of heterozygosity (CNLOH) inducing the modulation of gene expression have also been discovered. CNLOH in the CDKN2A locus was associated with protein silencing in 1/3 of the cases. In addition, FUBP1 homozygous deletion was detected in one case suggesting a putative tumor suppressor role of FUBP1 in AOD.Our study showed that the genomic and pathological analyses of AOD are synergistic in detecting relevant clinical and biological subgroups of AOD.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}