Des analyses de qualité
AltraBio mobilise son expertise reconnue en bioinformatique, en biostatistique et en biologie pour proposer des services d’analyse et d’interprétaiont de différents types de données omiques (génomique, épigénomique, transcriptomique, protéomique, etc.).
Notre équipe collabore étroitement avec les clients/partenaires pour chaque projet afin d’atteindre à leurs objectifs.
Expertise en biostatistique et bio informatique
Avant de réaliser les analyses différentielles, nous mettons en oeuvre différentes méthodes pour évaluer la qualité des données et leur conformité avec le plan expérimental. Nous abordons spécifiquement les valeurs aberrantes et les effets non-liés au design afin de les corriger avec l’accord de notre client/partenaire. Ainsi, la pertinence de l’analyse effectuée est garantie.
Les plans expérimentaux peuvent comporter plusieurs facteurs tels que le donneur, le type cellulaire, le traitement, le temps, la dose, permettant une analyse sous différents angles. Pour répondre à la ou aux questions biologiques de l’étude, AltraBio détermine le modèle statistique le plus adapté (modèle appariés, correction des effets de lot, estimation des facteurs cachés, pondération des outliers, etc.).
AltraBio possède l’expertise pour intégrer différents types de données (multi-omiques, cytométrie, données médicales, etc.). Nous utilisons des techniques d’apprentissage automatique supervisé et non supervisé pour diverses applications, notamment l’identification de biomarqueurs, la classification et les modèles prédictifs pour le diagnostic ou la réponse au traitement. Ainsi, nos clients bénéficient de notre solide expertise dans l’utilisation d’algorithmiques d’apprentisage automatique de pointe pour extraire le maximum de valeur de leurs données.
Expertise en biologie
Les voies et processus biologiques associés aux molécules différentiellement exprimées sont identifiés grâce à la mise en oeuvre de différentes méthodes complémentaires d’enrichissement en catégories fonctionnelles. Ces résultats sont ensuite examinés pour évaluer leur pertinence dans le contexte biologique de l’étude.
Au delà de fournir des listes de molécules et de voies biologiques, le rôle d’AltraBio est également d’extraire du sens. A cette fin, la phase d’interprétation prend en compte la ou les questions biologiques à l’origine de l’étude et évalue les résultats en intégrant les connaissances biologiques disponibles dans la littérature scientifique et les bases de données. Notre objectif est de comprendre les mécanismes biologiques en jeu et de formuler de nouvelles hypothèses à valider. Des exemples de schémas synthétiques produits par AltraBio sont présentés dans les figures S8A et S9A de cet article.
Rendus
Tout le travail effectué est résumé dans un rapport complet transmis à notre client/partenaire et expliqué lors d’une visioconférence. Cet échange permet de présenter en détail les méthodes utilisées et les résultats obtenus, garantissant ainsi une compréhension claire des données par notre client/partenaire.
Les résultats de l’analyse statistique sont également disponibles dans l’interface web WikiBioPath, qui fournit à nos clients/partenaires un ensemble d’outils de visualisation et d’analyse leur permettant de poursuivre l’exploration de leurs données. Ils peuvent facilement visualiser leurs graphiques en volcan, générer de nouvelles cartes de chaleur, effectuer une analyse en composantes principales (ACP) et des analyses d’enrichissement sur des sélections de gènes.
Nos publications en analyses omiques
2013
Mahe, Yann F; Perez, Marie-Jesus; Tacheau, Charlotte; Fanchon, Chantal; Martin, Richard; Rousset, Françoise; Seite, Sophie
Dans: Clin Cosmet Investig Dermatol, vol. 6, p. 191–196, 2013, ISSN: 1178-7015.
@article{pmid24039440,
title = {A new Vitreoscilla filiformis extract grown on spa water-enriched medium activates endogenous cutaneous antioxidant and antimicrobial defenses through a potential Toll-like receptor 2/protein kinase C, zeta transduction pathway},
author = {Yann F Mahe and Marie-Jesus Perez and Charlotte Tacheau and Chantal Fanchon and Richard Martin and Françoise Rousset and Sophie Seite},
doi = {10.2147/CCID.S47324},
issn = {1178-7015},
year = {2013},
date = {2013-01-01},
urldate = {2013-01-01},
journal = {Clin Cosmet Investig Dermatol},
volume = {6},
pages = {191--196},
abstract = {Vitreoscilla filiformis (VF) biomass (VFB) has been widely used in cosmetic preparations and shown to modulate the major inducible free-radical scavenger mitochondrial superoxide dismutase in skin cells. By adding La Roche-Posay (LRP) thermal spring water to the VF culture medium, we obtained a biomass (LRP-VFB) with a similar mitochondrial superoxide dismutase activation capacity to VF. Also, the new biomass more powerfully stimulated mRNA expression and antimicrobial peptides in reconstructed epidermis. Interestingly, a predictive computer model that analyzed transducing events within skin epidermal cells suggested that this protective activity may involve the Toll-like receptor 2/protein kinase C, zeta transduction pathway. Protein kinase C, zeta inhibition was effectively shown to abolish VFB-induced gene stimulation and confirmed this hypothesis. This thus opens new avenues for investigation into the improvement of skin homeostatic defense in relation to the control of its physiological microbiota and innate immunity.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}
2012
Idbaih, Ahmed; Ducray, François; Dehais, Caroline; Courdy, Célia; Carpentier, Catherine; de Bernard, Simon; Uro-Coste, Emmanuelle; Mokhtari, Karima; Jouvet, Anne; Honnorat, Jérôme; Chinot, Olivier; Ramirez, Carole; Beauchesne, Patrick; Benouaich-Amiel, Alexandra; Godard, Joël; Eimer, Sandrine; Parker, Fabrice; Lechapt-Zalcman, Emmanuelle; Colin, Philippe; Loussouarn, Delphine; Faillot, Thierry; Dam-Hieu, Phong; Elouadhani-Hamdi, Selma; Bauchet, Luc; Langlois, Olivier; Guerinel, Caroline Le; Fontaine, Denys; Vauleon, Elodie; Menei, Philippe; Fotso, Marie Janette Motsuo; Desenclos, Christine; Verrelle, Pierre; Ghiringhelli, François; Noel, Georges; Labrousse, François; Carpentier, Antoine; Dhermain, Frédéric; Delattre, Jean-Yves; Figarella-Branger, Dominique
SNP array analysis reveals novel genomic abnormalities including copy neutral loss of heterozygosity in anaplastic oligodendrogliomas Article de journal
Dans: PLoS One, vol. 7, no. 10, p. e45950, 2012, ISSN: 1932-6203.
@article{pmid23071531,
title = {SNP array analysis reveals novel genomic abnormalities including copy neutral loss of heterozygosity in anaplastic oligodendrogliomas},
author = {Ahmed Idbaih and François Ducray and Caroline Dehais and Célia Courdy and Catherine Carpentier and Simon de Bernard and Emmanuelle Uro-Coste and Karima Mokhtari and Anne Jouvet and Jérôme Honnorat and Olivier Chinot and Carole Ramirez and Patrick Beauchesne and Alexandra Benouaich-Amiel and Joël Godard and Sandrine Eimer and Fabrice Parker and Emmanuelle Lechapt-Zalcman and Philippe Colin and Delphine Loussouarn and Thierry Faillot and Phong Dam-Hieu and Selma Elouadhani-Hamdi and Luc Bauchet and Olivier Langlois and Caroline Le Guerinel and Denys Fontaine and Elodie Vauleon and Philippe Menei and Marie Janette Motsuo Fotso and Christine Desenclos and Pierre Verrelle and François Ghiringhelli and Georges Noel and François Labrousse and Antoine Carpentier and Frédéric Dhermain and Jean-Yves Delattre and Dominique Figarella-Branger},
doi = {10.1371/journal.pone.0045950},
issn = {1932-6203},
year = {2012},
date = {2012-01-01},
urldate = {2012-01-01},
journal = {PLoS One},
volume = {7},
number = {10},
pages = {e45950},
abstract = {Anaplastic oligodendrogliomas (AOD) are rare glial tumors in adults with relative homogeneous clinical, radiological and histological features at the time of diagnosis but dramatically various clinical courses. Studies have identified several molecular abnormalities with clinical or biological relevance to AOD (e.g. t(1;19)(q10;p10), IDH1, IDH2, CIC and FUBP1 mutations).To better characterize the clinical and biological behavior of this tumor type, the creation of a national multicentric network, named "Prise en charge des OLigodendrogliomes Anaplasiques (POLA)," has been supported by the Institut National du Cancer (InCA). Newly diagnosed and centrally validated AOD patients and their related biological material (tumor and blood samples) were prospectively included in the POLA clinical database and tissue bank, respectively.At the molecular level, we have conducted a high-resolution single nucleotide polymorphism array analysis, which included 83 patients. Despite a careful central pathological review, AOD have been found to exhibit heterogeneous genomic features. A total of 82% of the tumors exhibited a 1p/19q-co-deletion, while 18% harbor a distinct chromosome pattern. Novel focal abnormalities, including homozygously deleted, amplified and disrupted regions, have been identified. Recurring copy neutral losses of heterozygosity (CNLOH) inducing the modulation of gene expression have also been discovered. CNLOH in the CDKN2A locus was associated with protein silencing in 1/3 of the cases. In addition, FUBP1 homozygous deletion was detected in one case suggesting a putative tumor suppressor role of FUBP1 in AOD.Our study showed that the genomic and pathological analyses of AOD are synergistic in detecting relevant clinical and biological subgroups of AOD.},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {article}
}