🚀 Dans le cadre du projet PEST-BIN, nous sommes ravis d’annoncer la publication de l’article de Sara Ribeiro intitulé « Identifying potential novel widespread determinants of bacterial pathogenicity using phylogenetic-based orthology analysis«  dans Frontiers in Microbiology. 🧬

Cette réalisation met en lumière les efforts exceptionnels de Sara dans la conduite d’une analyse d’orthologie basée sur la phylogénie à grande échelle. L’étude compare les protéomes de souches bactériennes pathogènes pour l’homme (HP) et non pathogènes pour l’homme (NHP). Les résultats obtenus pourraient avoir un impact significatif sur la santé publique en contribuant aux efforts visant à atténuer les défis posés par les maladies infectieuses.

Félicitations, Sara, pour cette publication remarquable ! 🎉

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Résumé de l’Article :

Introduction :

La montée mondiale de la résistance aux antibiotiques et l’émergence de nouveaux pathogènes bactériens représentent une menace majeure pour la santé publique. De nouvelles approches pour découvrir des cibles diagnostiques et thérapeutiques potentielles sont nécessaires.

Méthodes :

Dans cette étude, nous avons mené une analyse d’orthologie basée sur la phylogénie à grande échelle pour comparer les protéomes de 734 souches bactériennes, couvrant 514 espèces et 91 familles, classées comme HP ou NHP.

Résultats :

En utilisant un workflow dédié, nous avons identifié 4 383 groupes orthologues hiérarchiques (HOGs) significativement associés aux souches HP. Ces HOGs sont liés à des facteurs critiques tels que la tolérance au stress, la versatilité métabolique et la résistance aux antibiotiques. Nous avons découvert à la fois des facteurs de virulence connus et des déterminants potentiels nouveaux et répandus de la pathogénicité.

Discussion :

En intégrant des annotations de pathogénicité au niveau des souches de BacSPaD avec une analyse d’orthologie basée sur la phylogénie, nous introduisons une nouvelle approche et fournissons une ressource précieuse pour la recherche sur la pathogénicité bactérienne.

Contexte et Importance :

La menace croissante des pathogènes bactériens résistants aux antibiotiques souligne le besoin crucial de découvrir de nouveaux déterminants de la pathogénicité pour faire progresser les stratégies thérapeutiques. Les bases de données existantes, comme la Virulence Factor Database (VFDB), cataloguent les facteurs de virulence validés expérimentalement, mais l’émergence continue de nouveaux pathogènes nécessite des méthodes capables de découvrir des déterminants de pathogénicité nouveaux et non encore capturés.

Études Antérieures et Limites :

Des efforts pour identifier les gènes, protéines ou domaines associés à la pathogénicité bactérienne ont été menés chez les bactéries associées aux plantes et aux humains. Cependant, ces études reposaient principalement sur des comparaisons basées sur les séquences, ce qui peut négliger les relations évolutives plus profondes. Les algorithmes utilisés manquaient souvent de contexte phylogénétique, limitant leur capacité à découvrir de nouveaux déterminants de pathogénicité.

Notre Approche Innovante :

Nous introduisons une nouvelle approche pour identifier des déterminants potentiels nouveaux et répandus de la pathogénicité bactérienne en appliquant une analyse d’orthologie basée sur la phylogénie à un large spectre de taxons bactériens. En analysant 734 souches avec des annotations de pathogénicité précises, nous avons pu redéfinir les protéomes bactériens et découvrir des déterminants potentiels nouveaux et répandus de la pathogénicité.