🚀 Dans le cadre du projet PEST-BIN, nous sommes ravis d’annoncer la publication des travaux de Sara Ribeiro, intitulée “Identifying potential novel widespread determinants of bacterial pathogenicity using phylogenetic-based orthology analysis“, dans Frontiers in Microbiology. 🧬

Cette étude met en lumière les efforts exceptionnels de Sara pour mener une analyse phylogénétique d’orthologie à grande échelle, comparant les protéomes de souches bactériennes pathogènes (HP) et non pathogènes (NHP) pour l’humain. Les résultats de cette recherche pourraient avoir un impact significatif sur la santé publique en aidant à relever les défis posés par les maladies infectieuses.

Résumé de l’Article :

Introduction :

L’augmentation mondiale de la résistance aux antibiotiques et l’émergence de nouveaux pathogènes bactériens représentent des menaces majeures pour la santé publique. Il est urgent de développer de nouvelles approches pour identifier des cibles diagnostiques et thérapeutiques potentielles.

Méthodes :

Nous avons mené une analyse phylogénétique d’orthologie à grande échelle pour comparer les protéomes de 734 souches bactériennes, incluant 514 espèces et 91 familles, classées comme pathogènes ou non pathogènes pour l’humain.

Résultats :

Grâce à un workflow dédié, nous avons identifié 4 383 groupes orthologues hiérarchiques (HOGs) significativement associés aux souches pathogènes. Ces HOGs sont liés à des facteurs critiques tels que la tolérance au stress, la versatilité métabolique, et la résistance aux antibiotiques. Nous avons mis en évidence à la fois des facteurs de virulence connus et de potentiels nouveaux déterminants de pathogénicité.

Discussion :

En intégrant des annotations de pathogénicité au niveau des souches de la base de données BacSPaD avec notre analyse phylogénétique, nous proposons une approche novatrice et une ressource précieuse pour la recherche sur la pathogénicité bactérienne. La menace croissante des pathogènes bactériens résistants aux antibiotiques souligne l’importance cruciale de découvrir de nouveaux déterminants de pathogénicité pour faire avancer les stratégies thérapeutiques.

Contexte et Importance :

La menace croissante des pathogènes bactériens résistants aux antibiotiques souligne l’urgence de découvrir de nouveaux déterminants de pathogénicité pour faire progresser les stratégies thérapeutiques. Les bases de données existantes, comme la Virulence Factor Database (VFDB), répertorient des facteurs de virulence expérimentaux. Cependant, l’émergence continue de nouveaux pathogènes nécessite des méthodes capables de révéler des déterminants potentiels de pathogénicité non encore identifiés.

Études Précédentes et Limites :

Les efforts pour identifier de manière computationnelle des gènes, protéines ou domaines associés à la pathogénicité bactérienne ont été menés chez les bactéries associées aux plantes et aux humains. Cependant, ces études se sont principalement basées sur des familles de protéines définies par des comparaisons de séquences, ce qui peut négliger des relations évolutives plus profondes. Cette complexité nécessite des approches computationnelles avancées qui prennent en compte à la fois les séquences et le contexte évolutif, comme l’analyse d’orthologie.

Notre Approche Innovante :

Nous introduisons une approche novatrice pour identifier des potentiels nouveaux déterminants de pathogénicité bactérienne en appliquant une analyse phylogénétique d’orthologie sur un large spectre de taxons bactériens. En analysant 734 souches de 514 espèces avec des annotations précises, nous avons pu redéfinir les protéomes bactériens avec des HOGs couvrant . Cette approche a permis de révéler des déterminants potentiels de pathogénicité, incluant la plupart des pathogènes humains courants, comme démontré par une comparaison avec une liste exhaustive de pathogènes humains et la .